在建设智慧医院物流系统时，需要注意以下几个问题：

设计合理的布局：智慧医院物流系统需要在医院内部进行布局设计，包括仓库位置、品种存放、货架设计等，这些都要考虑到物流效率和人员操作方便性。

信息化系统建设：智慧医院物流系统需要有一个完善的信息化系统来管理、处理物流数据，如入库、出库、盘点等操作，以实现物料追溯、库存预警等功能，同时可以通过互联网技术支持移动APP等信息化工具对外协调。

应用RFID、条码等技术：采用高科技手段提高物流效率，如RFID或者条码识别等技术，能够实现快速的物资出入库、库存查询等功能，有效避免了人工操作带来的误差和耗时。

实现自动化运输：智慧医院物流系统应尽可能实现物流自动化，例如采用AGV、无人机等自动运输技术，大大节省人力成本，并且能够有效提高物流效率。

保持物流安全性：在物流运输过程中，需要注意物流运输安全问题。特别是在药品及器械物流方面，需严格遵守相关法规要求，保证物流安全，并确保药品、器械批次和有效期等信息不被篡改。

人员培训：智慧医院物流系统建设需要对各个岗位的员工进行培训，使其掌握操作技能，提高物流效率，降低操作风险。同时应注重管理规范化，加强监督和检查等措施，确保物资流转过程中不出现失误或疏漏。